抗虫棉：继转基因抗虫棉研制成功并大面积种植后，生物技术所经过7年的努力，研制成功转抗虫基因三系杂交棉。通过将基因工程技术和杂种优势利用相结合，攻克了三系杂交棉恢复系狭窄、抗虫性缺乏、可育性不稳以及杂种优势不明显等一系列重大科学难题，在国际上首次成功地创建了高产量、高纯度、高效率、大规模、低成本、能够直接应用的转抗虫基因三系杂交棉常规育种与分子育种相结合的新体系。采用回交转育和基因工程技术，获得抗虫性达90%以上的新品种（系）和新种质材料40多个，实现了棉花领域三系配套，该技术推广应用后增产超过25%，每年新增的皮棉相当于目前1000万亩棉田的总产量，等于增加了一个长江流域棉区。转抗虫基因三系杂交棉制种成本一般可降低50%，制种纯度可达100%。

　　矮败小麦：作物科学所经过20年潜心研究，利用我国特有的遗传资源太谷核不育小麦和“矮变一号”为材料，建立起国际领先的矮败小麦轮回选择育种技术平台，利用该技术平台开展轮回选择育种，把小麦改良中的众多基因进行大规模的反复重组和优化，可连续和大批量地培育小麦新品种，提高育种效率数十倍，被“绿色革命之父”布劳格先生誉为“小麦育种的革命”。矮败小麦育种技术比传统育种方法的效率大大提高，育成的品种多，产量潜力大。选育出以国审小麦品种“轮选987”为代表的“轮选981”、“轮选201”等“轮选”号系列新品种，比大面积推广的品种增产10%以上。矮败小麦育种技术不仅表现在育种效率高，而且选育的品种产量水平也表现突出，在2002～2003年度国家新品种展示中，有46个品种（系）参试，“轮选987”、“轮选981”和“轮选201”分列前三名。

　　超级稻：水稻所在超级稻选育和理论研究方面有新突破，研究水平居世界领先地位。在超级杂交稻育种亲本选配理论指导下，成功选育出国际公认的超级稻组合“协优9308”，平均亩产达789公斤，最高单产达818公斤，在长江中下游地区大面积推广种植。通过多点生产集成技术示范研究，提出一套行之有效的超高产生产集成技术，社会效益显著。近年又利用分子育种技术选育出一批以“国稻1号”、“国稻6号”为代表的超级稻新品种/组合，高产潜力大、米质优良、抗逆性强。在2005年科技部和财政部共同主办的“国家‘十五’重大科技成就展”中，“国稻6号”被评选为“国家‘十五’重大科技成就”。

　　双低油菜：油料所育成了一大批具有国内外先进水平的双低油菜新品种，共有18个优质油菜新品种通过了国家或省级审定，其品质、产量和抗性均达到国际先进水平，抗菌核病育种一直居于国际领先地位。其中以“六高、两优、多用”优质油菜新品种“中双9号”为代表的一批双低油菜新品种，综合性状突出，品质、产量和抗性达到国际先进水平。新品种的成果转化率达到100%，品种覆盖到黄河以南10个省97个县（市），年推广应用面积达到3000万亩以上，占我国油菜种植面积的1/3以上，年新增社会经济效益18亿元以上。
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